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法人向け請求書管理ツール徹底比較｜導入実績・料金・使いやすさを詳しく解説

2023年10月のインボイス制度施行、そして改正電子帳簿保存法への対応により、日本企業の請求書管理は大きな転換期を迎えています。さらに、郵送費の値上げや深刻な人手不足も相まって、請求書業務のデジタル化は「あれば便利」から「なくてはならない」経営インフラへと変化しました。

実際、デロイト トーマツ ミック経済研究所の調査によれば、クラウド請求書受領サービス市場は2028年度に市場規模1,025億円、普及率60%に達すると予測されており、今後も急速な成長が見込まれています。

本記事では、2025年現在の日本市場で利用企業数が多い主要な請求書管理ツール11サービスについて、導入実績、料金体系、操作性を中心に徹底比較します。自社に最適なツール選びの参考にしていただければ幸いです。

主要11サービスの特徴比較表

まずは、各サービスの概要を一覧でご確認ください。

用途別おすすめツール診断

📌 大量の紙請求書を受け取る企業なら

1位：Bill One（Sansan）

• 請求書の受領を完全代行、99.9%の精度でデータ化
• 従業員100名以下なら初期費用・月額費用ともに無料
• 大手企業での導入実績多数（竹中工務店、明治、NECなど）
  　

2位：TOKIUMインボイス

• 郵送・FAX・メールなど、あらゆる形式に対応
• AI-OCRと人手確認のハイブリッドで高精度を実現
• 上場企業250社以上が採用

📌 請求書発行業務を効率化したい企業なら

1位：楽楽明細（ラクス）

• 導入社数12,000社超の実績No.1サービス
• 取引先ごとに送付方法（郵送/メール/Web）を自動振り分け
• 契約継続率99%の高い満足度
  　

2位：MakeLeaps（リコージャパン）

• 英語・日本語のバイリンガル対応で海外取引に強い
• 洗練されたUIと豊富なテンプレート
• 無料プラン（取引先3社まで）あり

📌 会計ソフトとの連携を重視する企業なら

1位：マネーフォワード クラウド請求書

• MFクラウド会計とのシームレスな連携
• 売掛金の自動仕訳・入金消込機能
• Peppol（電子インボイス）対応済み
  　

2位：freee請求書

• freee会計との深い統合で業務効率化
• 充実した無料プラン
• 初心者にも使いやすい設計

📌 コストを抑えたい中小企業なら

1位：invox

• 月額980円〜の圧倒的低価格
• 処理方法を請求書ごとに選択可能
• 顧客満足度95.2%の高評価
  　

2位：Misoca（弥生）

• 月10件まで完全無料
• 直感的な3ステップ操作
• 弥生の手厚いサポート

各サービスの詳細解説

Bill One（Sansan）｜代理受領で手間ゼロを実現

Bill Oneの最大の特徴は、請求書の受領を完全に代行してくれる点です。取引先には専用の送付先を案内するだけで、紙・PDFを問わず、すべての請求書がクラウド上にデータ化されます。

メリット

• テレワークでも経理処理が完結
• 99.9%の高精度でミスを防止
• 紙の保管スペースが不要
  　

デメリット

• エンタープライズ向けで価格が高め
• 初期の取引先登録に手間がかかる

バクラク請求書（LayerX）｜最速5秒のAI処理

「爆速で楽に」をコンセプトに、AIによる5秒処理を実現。モダンなUIと頻繁な機能アップデートで、ITリテラシーの高い企業から支持を集めています。

メリット

• 圧倒的な処理スピード
• 直感的でモダンなUI
• 初期費用0円
  　

デメリット

• 月額44,000円〜とやや高め
• 完全なAI依存で最終確認は必要

TOKIUMインボイス｜BPO型の安心サービス

請求書の受領から仕訳計上まで、経理業務をまるごとアウトソースできるサービス。オペレーターによる確認で、ほぼ100%の精度を保証します。

メリット

• 人手を介した高精度データ化
• 原本の物理保管も代行
• 充実したサポート体制
  　

デメリット

• 処理に数時間〜1営業日かかる
• 従量課金で大量処理は高額に

楽楽明細（ラクス）｜発行業務のスタンダード

請求書発行に特化し、12,000社以上の導入実績を誇る業界標準サービス。既存システムとの連携性が高く、大量発行にも対応します。

メリット

• 豊富な導入実績と安定性
• 柔軟なレイアウトカスタマイズ
• 郵送代行機能を標準装備
  　

デメリット

• 初期費用10万円〜が必要
• 受領機能は限定的

選定時の5つのチェックポイント

1. 解決したい課題の明確化

まず、自社の最優先課題を特定しましょう。

• 紙の請求書処理に追われている → 受領特化型
• 請求書の発行・郵送コストを削減したい → 発行特化型
• 会計処理まで一元化したい → 会計連携型

2. 処理件数と予算の確認

月間の請求書処理件数を把握し、従量課金も含めた総コストを試算することが重要です。

3. 既存システムとの連携性

使用中の会計ソフトや販売管理システムとの連携可否を必ず確認しましょう。

4. セキュリティとコンプライアンス

• 電子帳簿保存法への対応
• インボイス制度への対応
• データの保管・管理体制

5. サポート体制と導入支援

特に初めてのデジタル化では、手厚いサポートが成功の鍵となります。

2025年以降の展望：Peppolがもたらす変革

今後の請求書業務において注目すべきは、デジタルインボイス規格「Peppol（ペポル）」の普及です。これは請求書をPDFではなく、構造化されたデータとして送受信する仕組みで、OCR処理自体が不要になります。

既にマネーフォワード、弥生、インフォマートなどがPeppolサービスプロバイダーとして認定されており、将来を見据えたツール選定では、Peppol対応の有無も重要な判断基準となるでしょう。

まとめ：自社に最適なツールを選ぶために

請求書管理ツールの選定は、単なるコスト削減だけでなく、業務効率化とコンプライアンス対応の両面から検討する必要があります。

大企業なら Bill OneやTOKIUMインボイスのような精度保証型、中堅企業なら バクラク請求書やBtoBプラットフォームのような統合型、中小企業なら invoxやMisocaのようなコストパフォーマンス重視型がおすすめです。

まずは無料トライアルやデモを活用し、実際の操作感を確かめることから始めてみてはいかがでしょうか。デジタル化の波に乗り遅れないよう、早めの検討・導入をお勧めします。
　

筆者紹介：中元鈴香
BtoB領域に特化したライター。5年以上にわたり、SaaS、IT、人材、コンサル業界のコンテンツ設計とライティングに従事。上場企業のオウンドメディア立ち上げや、中小企業のSEO内製化支援も多数経験。